În calitate de organism de coordonare științifică desemnat de autoritatea de stat pentru cercetare-dezvoltare, CNCS sprijină implemnatarea programelor și subprogramelor din cadrul Planului Național de Cercetare- Dezvoltare și Inovare focalizate pe cercetare fundamentală și de frontieră, formare și perfectionare a resursei umane pentru cercetare, precum și a subprogramelor de cooperare internațională axate pe cercetare fundamentală sau pe dezvoltarea resurselor umane pentru cercetare.